菅義偉首相は4日の記者会見で、日本学術会議の会員6人の任命拒否問題をめぐり、記者団から「これほどまでアカデミズムからの反発が広がると思っていたか」と問われたのに対し、「これほど（反発が）大きくなるかどうか、ということだが……」と笑みのような表情を浮かべつつ、「私は、かなりなるんじゃないかなというふうに思っていました」と述べた。

　また菅首相は「縦割り、既得権益、あしき前例主義を打破したい。こうしたことを掲げて総裁選に当選させていただいた。そういう中で学術会議も新しい方向に向かった方が良いのではないかと自ら判断をさせていただいた」と説明した。